岐阜城主であった織田信長や孫の秀信ゆかりの寺で、現在の岐阜市長旗付近にあった浄泉坊が前身といわれる。天文16年（1547年）、織田信秀が岐阜に攻め入った際、斎藤道三に大敗し、多くの戦死者が出た。永禄10年（1567年）岐阜に入った織田信長が、円徳寺門前に立てた「楽市場・定」の制札や、永禄7年（1564年）に信長が寄進したといわれる梵鐘などが寺宝として残されている。